Thủ tục thông báo cơ sở sản xuất với cơ quan Hải quan (Mẫu 12): Quy trình chuẩn cho DNCX

Để được áp dụng chế độ miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu theo quy định dành cho doanh nghiệp chế xuất, thông báo cơ sở sản xuất là bước bắt buộc trước khi đưa hàng hóa vào quy trình sản xuất. Đây là nghĩa vụ then chốt chứng minh tính minh bạch trong hoạt động của DNCX. Mọi sự chậm trễ trong việc thông báo đều dẫn tới hệ lụy trực tiếp là doanh nghiệp bị tước quyền hưởng ưu đãi thuế, gây thiệt hại lớn về tài chính và có thể bị đình chỉ các hoạt động xuất nhập khẩu ưu đãi liên quan.

Thủ tục thông báo cơ sở sản xuất với cơ quan Hải quan sẽ được Nhật Thực chia sẻ chi tiết ngay trong bài viết dưới đây!

Tại sao phải thông báo cơ sở sản xuất với hải quan?

Việc thông báo cơ sở sản xuất với cơ quan hải quan là một bước then chốt trong quy trình quản lý nhà nước đối với các hoạt động xuất nhập khẩu. Căn cứ pháp lý cốt lõi của thông báo này xuất phát từ quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 39/2018/TT-BTC). Do đó, thông báo cơ sở sản xuất là nghĩa vụ bắt buộc để xác định tư cách pháp lý và quyền lợi thuế đầu vào của các doanh nghiệp chế xuất (DNCX).

Bên cạnh đó, thông báo này còn là minh chứng cho năng lực sản xuất thực tế của doanh nghiệp và phục vụ việc kiểm tra cơ sở sản xuất của cơ quan hải quan. Đây cũng là điều kiện để DNCX được hưởng ưu đãi thuế và phòng chống "Doanh nghiệp ma", buôn lậu.

=>> Lưu ý: Dựa trên các quy định cập nhật đến năm 2026, doanh nghiệp chế xuất nếu không có thông báo cơ sở sản xuất theo quy định sẽ bị từ chối tờ khai nhập khẩu, bị ấn định thuế và xử phạt vi phạm hành chính rất nặng. Do đó, việc thông báo của cơ sở sản xuất là nghĩa vụ và là lời cam kết của doanh nghiệp với pháp luật rằng: "Tôi có sản xuất thực tế và tôi sử dụng nguyên liệu miễn thuế đúng mục đích".

Hướng dẫn điền Mẫu số 12 (Thông báo cơ sở sản xuất)

Theo quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC (sửa đổi Thông tư 38/2015/TT-BTC), mẫu thông báo cơ sở sản xuất mẫu 12 là chứng từ bắt buộc để doanh nghiệp thông báo cơ sở sản xuất, cơ sở lưu giữ nguyên liệu, vật tư, máy móc, thiết bị và sản phẩm xuất khẩu.

Dưới đây là hướng dẫn chi tiết cách lập các chỉ tiêu trọng yếu mà doanh nghiệp cần lưu ý:

Các chỉ tiêu thông tin cần khai báo

Địa điểm cơ sở sản xuất, lưu giữ

• Địa chỉ: Ghi chính xác địa chỉ nơi đặt nhà xưởng theo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc Giấy chứng nhận đầu tư.
• Mã địa điểm lưu kho: Khai báo mã địa điểm (do cơ quan Hải quan cấp) nơi tập kết nguyên liệu và thành phẩm.

Quyền sở hữu nhà xưởng

Hình thức hhi rõ là "Sở hữu" hoặc "Thuê/Mượn". Chứng từ kèm theo:

• Nếu sở hữu: Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.
• Nếu thuê: Ghi rõ số hợp đồng thuê, thời hạn thuê (phải phù hợp với quy trình sản xuất lâu dài).

Máy móc, thiết bị

• Danh mục: Liệt kê các máy móc chủ chốt trực tiếp tham gia vào dây chuyền sản xuất.
• Tình trạng: Ghi rõ máy mới hay đã qua sử dụng, nguồn gốc (nhập khẩu hay mua nội địa).
• Công suất: Ghi công suất thiết kế để Hải quan đối chiếu với định mức nguyên liệu nhập khẩu.

Nhân sự (Lao động)

• Số lượng: Tổng số nhân viên tham gia sản xuất trực tiếp và gián tiếp.
• Hợp đồng lao động: Số lượng lao động đã ký hợp đồng dài hạn, đóng bảo hiểm xã hội (đây là bằng chứng cho việc cơ sở hoạt động thực thực tế).

Hướng dẫn quy trình nộp mẫu

Năm 2026, thủ tục này được thực hiện hoàn toàn qua hệ thống điện tử:

• Truy cập: Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử Hải quan (VNACCS/VCIS).
• Mã nghiệp vụ: Sử dụng mã nghiệp vụ tương ứng để gửi Mẫu số 12.
• Thời hạn: Phải gửi thông báo trước khi làm thủ tục nhập khẩu lô hàng nguyên liệu đầu tiên.

Lưu ý quan trọng khi kê khai

• Tính trung thực: Mọi thông tin về máy móc, diện tích nhà xưởng phải đúng với hiện trạng thực tế. Hải quan có quyền xuống kiểm tra cơ sở sản xuất trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi nhận thông báo.
• Khớp sổ sách kế toán: Giá trị máy móc trên Mẫu số 12 phải khớp với Sổ cái tài sản cố định. Số lượng nhân sự phải khớp với Bảng lương và hồ sơ Bảo hiểm xã hội. Hợp đồng thuê xưởng phải có hóa đơn tài chính hoặc chứng từ thanh toán hợp lệ.
• Cập nhật thông tin: Khi có bất kỳ thay đổi nào (thêm máy móc, đổi địa chỉ, mở rộng quy mô), doanh nghiệp phải gửi thông báo sửa đổi bổ sung ngay trên hệ thống.

Quy trình kiểm tra cơ sở sản xuất của cơ quan Hải quan

Sau khi doanh nghiệp nộp mẫu thông báo cơ sở sản xuất mẫu 12, cơ quan Hải quan sẽ tiến hành quy trình kiểm tra để xác minh năng lực sản xuất thực tế. Quy trình này thường được thực hiện trong vòng 05 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận thông báo. Cụ thể là:

Bước 1: Kiểm tra hồ sơ giấy

Tại bước này, cơ quan Hải quan sẽ đối chiếu các thông tin doanh nghiệp đã khai báo trên hệ thống với các chứng từ lưu trữ. Bao gồm:

• Chứng minh quyền sử dụng nhà xưởng: Kiểm tra hợp đồng thuê kho bãi, nhà xưởng hoặc Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất.
• Hồ sơ máy móc thiết bị: Đối chiếu danh mục máy móc với tờ khai nhập khẩu (nếu nhập khẩu) hoặc hóa đơn mua hàng nội địa; kiểm tra sổ theo dõi tài sản cố định.
• Hồ sơ nhân sự: Kiểm tra danh sách đóng BHXH, hợp đồng lao động để đảm bảo doanh nghiệp có đội ngũ vận hành thực tế, không phải "công ty ảo".

Bước 2: Kiểm tra thực tế tại nhà máy (Quan trọng)

Đây là bước mang tính quyết định để cơ quan Hải quan xác nhận doanh nghiệp có đủ điều kiện hưởng chế độ miễn thuế hay không. Cụ thể:

• Kiểm đếm máy móc, thiết bị: Hải quan sẽ xuống tận nơi để đối chiếu thực tế số lượng, chủng loại, số hiệu (serial) và công suất của máy móc so với khai báo. Máy móc phải được lắp đặt hoàn thiện và sẵn sàng đi vào vận hành.
• Kiểm tra kho bãi: Đánh giá diện tích kho, điều kiện bảo quản nguyên liệu và thành phẩm. Kho phải có sự tách biệt rõ ràng giữa các loại hình hàng hóa (nếu có sản xuất cả hàng xuất khẩu và hàng tiêu thụ nội địa).
• Xác minh dây chuyền sản xuất: Doanh nghiệp có thể được yêu cầu vận hành thử hoặc giải trình về quy trình luân chuyển nguyên liệu từ kho vào sản xuất cho đến khi ra thành phẩm.

=>>Lưu ý: Kiểm tra hệ thống an ninh và giám sát là hạng mục được cơ quan Hải quan kiểm tra kỹ lưỡng nhất, đặc biệt đối với các Doanh nghiệp chế xuất (DNCX), nhằm ngăn chặn tình trạng tẩu tán hàng hóa ra thị trường nội địa. Trong đó, việc lắp đặt camera giám sát hải quan không đạt chuẩn có thể dẫn đến việc hồ sơ của doanh nghiệp bị bác bỏ và không được áp dụng chế độ miễn thuế nhập khẩu.

Mối liên hệ giữa cơ sở sản xuất và điều kiện giám sát Hải quan

Để thẩm định một doanh nghiệp được công nhận là doanh nghiệp chế xuất (DNCX) thì mối liên hệ giữa cơ sở sản xuất và điều kiện giám sát Hải quan là mối quan hệ hữu cơ, không thể tách rời. Cơ sở sản xuất không chỉ là nơi đặt máy móc mà phải được thiết kế như một "khu vực hải quan riêng biệt". Cụ thể là:

• Cơ sở sản xuất phải là khu phi thuế quan hoàn chỉnh

Để được hưởng các ưu đãi về thuế quan, cơ sở sản xuất của DNCX phải đáp ứng định nghĩa về khu phi thuế quan theo quy định tại Nghị định 18/2021/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn hiện hành. Điều này đồng nghĩa với việc, cơ sở sản xuất của doanh nghiệp phải có tường rào cứng ngăn cách và có cổng/cửa ra vào duy nhất.

• Hệ thống camera giám sát – "Mắt thần" của Hải quan

Đây là điều kiện pháp lý bắt buộc để cơ quan Hải quan chấp thuận cho doanh nghiệp hoạt động theo loại hình DNCX. Quy định lắp camera giám sát là hoạt động 24/7 và được lắp đặt tại các vị trí quan trọng, kết nối dữ liệu trực tuyến với cơ quan Hải quan quản lý trực tiếp, khả năng lưu trữ dữ liệu ít nhất 12 tháng.

• Sự đồng bộ giữa hạ tầng và quản lý dữ liệu

Cơ sở sản xuất không chỉ là hạ tầng vật lý mà còn là hệ thống quản lý phần mềm. Do đó, thông báo cơ sở sản xuất sẽ không được phê duyệt nếu doanh nghiệp không chứng minh được phần mềm quản lý kho khớp với thực tế hàng hóa đang lưu giữ tại nhà xưởng. Hoặc không chứng minh được quy trình luân chuyển nguyên liệu từ kho sản xuất đến tay công nhân được ghi nhận minh bạch.

Chính vì vậy, giải pháp tốt nhất cho các doanh nghiệp chế xuất là thi công đồng bộ ngay từ đầu để tránh tình trạng phải sửa chữa, đập bỏ hoặc chậm trễ thời gian đi vào hoạt động. Tốt nhất là nên có quy hoạch hạ tầng đồng bộ, tham vấn hải quan địa phương và đầu tư công nghệ cao. Tóm lại, chỉ khi cơ sở sản xuất được "vây kín" bởi hệ thống tường rào và camera đạt chuẩn thì cơ quan Hải quan mới có đủ căn cứ để xác nhận doanh nghiệp là DNCX và áp dụng chế độ thuế ưu đãi nhất.

Nhật Thực - Đối tác hỗ trợ hoàn thiện pháp lý và hạ tầng

Trong hành trình thiết lập và vận hành doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp chế xuất (DNCX), việc đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn khắt khe của cơ quan Hải quan là bài toán không hề đơn giản. Vì vậy, Nhật Thực tự hào là đối tác chiến lược giúp mang đến giải pháp hỗ trợ trọn gói từ pháp lý đến hạ tầng, giúp doanh nghiệp an tâm sản xuất và tối ưu hóa quyền lợi thuế quan.

Khi chọn Nhật Thực, quý doanh nghiệp sẽ được:

Tư vấn và hoàn thiện thủ tục pháp lý (Mẫu số 12)

Nhật Thực sở hữu đội ngũ chuyên gia am hiểu sâu sắc quy định tại Thông tư 39/2018/TT-BTC, sẵn sàng đồng hành cùng doanh nghiệp trong việc:

• Lập hồ sơ theo mẫu thông báo cơ sở sản xuất mẫu 12
• Giải trình năng lực sản xuất
• Xử lý hồ sơ khó (Tư vấn giải pháp cho các trường hợp thuê kho, mượn xưởng hoặc thay đổi quy mô sản xuất đột xuất)

Thi công hạ tầng giám sát hải quan đạt chuẩn 2026

Không chỉ dừng lại ở hồ sơ, Nhật Thực trực tiếp triển khai lắp đặt hệ thống hạ tầng kỹ thuật nhằm đáp ứng các điều kiện giám sát nghiêm ngặt. Với các gói dịch vụ trọn gói, uy tín và chất lượng như:

• Lắp đặt hệ thống Camera giám sát AI
• Thi công tường rào và ranh giới cứng
• Giải pháp kết nối dữ liệu

Đừng để những rào cản về pháp lý và hạ tầng làm chậm tiến độ dự án của bạn. Hãy liên hệ với Nhật Thực ngay hôm nay để được khảo sát thực tế và nhận giải pháp tối ưu nhất cho cơ sở sản xuất của bạn trong năm 2026!

---

Thông tin liên hệ Công Ty Nhật Thực
Tên công ty: Công Ty Cổ Phần Công Nghệ Nhật Thực
Địa chỉ: 100B Nguyễn Lương Bằng, Kiến An, Hải Phòng
Số điện thoại: 0946.79.81.83 / 0989.132.626
Email: info@nhatthuc.com.vn
Website: nhatthuc.com.vn